1.完全抽取式冷干法CEMS中應用時污染下游管路，易形成過濾器堵塞或者分析儀氣室的污染。受不同設備廠家生產的NOx轉換器催化劑材質和型式的不同，以及煙氣中成分的差異，多數NOx轉換器在煙氣經過高溫狀態下的催化劑時發生物理或化學方面的反應，處理轉換后的煙氣在降溫后產生了微小的細顆粒物（可能是HC化合物或者鉬的氧化物顆粒），在管路內壁附著沉降，長時間形成了管路堵塞或者分析儀氣室污染的情況發生。
2.完全抽取式熱濕法CEMS中應用時，受煙氣中濕度及水溶性鹽類的影響，容易造成轉換器接口處堵塞或者轉換效率低下。熱濕CEMS由于整個采樣過程需要加熱，部分品牌NOx轉換器安裝于加熱盒與采樣管線中間，采樣管線與轉換器接口以及轉換器和加熱盒接口處由于溫度梯度差，伴熱和保溫無法得到保證，高濕高水溶性鹽的場合，容易在轉換器進口處形成液態水，液態水吸收待測煙氣中的二氧化硫和氨氣，形成水溶性鹽，水溶性鹽隨著氣流進入轉換器內部，溫度升高的同時，水再次被蒸發，水溶性鹽類結晶，附著在管路內部及催化劑的表面，長時間運行容易形成管路的堵塞，部分行業熱濕法CEMS NOx轉換器外置于加熱盒，NOx轉換器在幾個小時內就可以堵塞，無法達到穩定正常運行。
3.稀釋法CEMS通過分析儀內置的NOx轉換器可以實現對NO、NO2的同時測量，雖然煙氣經過稀釋后進入分析儀進行測量，煙氣中NO2及其他背景成分的濃度得到了降低，但是稀釋氣的質量對轉換器催化劑影響較大，NOx轉換器轉換效率達不到要求是稀釋法中常見的問題，稀釋法CEMS定期對NO/SO2進行校準，但是對NO2的校準多數無法進行或未開展，尤其是NOx轉換器的性能測試的頻次和周期是造成NO2數據問題的主要因素。
4.脫硝治理設施采用氧化脫硝的場合，NOx轉換器轉換效率多不滿足要求。一些行業或企業在脫硝設施上采用臭氧或強氧化劑對煙氣進行氧化，煙氣中高濃度的NO轉化為高濃度的NO2，NO被氧化為NO2的效率高達90%以上，氧化劑過量使用的現象比較突出，NO2多采用濕式或半干法堿性環境吸收，吸收過程受離子效應及水的含量等因素影響，NO2吸收效率較低且不易控制，容易形成高濃度NO2的逃逸，加大NO2轉換器的工作負擔，部分場合催化劑可在幾分鐘內失效。在高濃度NO2、氧化劑及水溶性鹽類的作用下，氧化脫硝場合NOx轉換器的效率及壽命無法得到保證。
5.NOx轉換器因其工作原理和結構相對簡單，技術規范僅對轉換效率進行了要求，目前市場上應用的NOx轉換器品牌繁多，結構和性能參差不齊，價格從五六千到幾萬的不等。一些NOx轉化器廠家在未對轉換效率進行測試直接出廠進行銷售，同時未對轉換器應用的條件及安裝位置、影響因素進行說明，以及NOx轉化器最大轉換的NO2濃度、流量等技術指標進行明確。甚至出現了一些無標簽、無說明書、無廠家和說明書的“三無"NOx轉換器在市場上流通。針對NOx轉換器的執法檢查多數還停留在有沒有安裝的步伐上，深入點的查看一下NOx轉換器的加熱溫度的設置，因標氣或測試條件不具備很少對轉換器的效率進行測試。
